Allergia on hyvin harvinainen statusefekti Paper Mario: The Thousand-Year Doorissa. Sen voi aiheuttaa Shadow Queenin Dangerous Breath. Myös Space Foodilla on pieni mahdollisuus aiheuttaa allergia HP:n parantamisen lisäksi. Statusefekti on sekä positiivinen että negatiivinen. Kun hahmo on allerginen, hän ei voi saada mitään muuta statusefektiä. Tämä tarkoittaa sitä, että allerginen hahmo ei voi altistua millekään negatiiviselle statusefektille. Toisaalta allerginen hahmo ei myöskään voi saada mitään positiivista statusefektiä, vaikka hahmo käyttäisi Power Liftiä tai yrittäisi tehdä itsensä näkymättömäksi Boo's Sheetillä.